פרופ׳ זמיר הלפרן הוא מומחה למחלות דרכי העיכול, הכבד והלבלב – מחלוצי תחום הגסטרואנטרולוגיה בישראל, ובעל ידע וניסיון רב שנים בתחומו.
פרופ׳ הלפרן ייסד את המועצה הלאומית לגסטרואנטרולוגיה, מחלות כבד ותזונה של משרד הבריאות, ומכהן כיושב-הראש שלה. בנוסף, הקים פרופ׳ הלפרן את היחידה האנדוסקופית בביה"ח רפאל בתל אביב, וכיום עומד בראשה.
בעבר, ניהל את המכון הגסטרואנטרולוגי בביה״ח איכילוב במשך כ-20 שנה, והפך אותו לאחד המכונים הגדולים והמתקדמים ביותר בשירות הציבורי. מאוחר יותר מונה לסמנכ״ל בית-החולים.
בשנת 2004 הקים ופיתח את מרכז המומחים ״גסטרומד״ – המכון האנדוסקופי הפרטי הגדול ביותר בישראל, המתמקד בכל מקרה גסטרואנטרולוגי – מהייעוץ הרפואי והאבחון, ועד לטיפול. המכון היווה מודל להקמת מכונים רב-תחומיים רבים בארץ.